Un certain nombre de laboratoires de recherche sont associés à l'IUT de Besançon-Vesoul.
À l'institut UTINAM, des astro-physiciens, des physiciens et des chimistes mènent des recherches dont le champ s'étend de la galaxie à la molécule.
Les économistes du CRESE réfléchissent à des problématiques variées liés à des questions de société essentielles : finance, environnement, santé, criminalité, politique internationale...
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L’Institut FEMTO-ST mène des recherches dans divers domaines des sciences pour l’ingénieur, de l’information et de la communication...
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La plupart des chercheurs d’ELLIAD travaillent à partir d’archives. Leurs travaux sont centrés sur la notion de discours, au sens large.