Un certain nombre de laboratoires de recherche sont associés à l'IUT Besançon-Vesoul.
L’Institut FEMTO-ST mène des recherches dans divers domaines des sciences pour l’ingénieur, de l’information et de la communication...
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À l'institut UTINAM, des astro-physiciens, des physiciens et des chimistes mènent des recherches dont le champ s'étend de la galaxie à la molécule.
Le laboratoire est fortement pluridisciplinaire : des sciences humaines à la physique, en passant par l’archéologie, l’histoire, l’écologie, la biologie, les sciences de la santé animale et humaine, et la chimie.
Les chercheurs, des géographes surtout, mais aussi des économistes et des informaticiens, travaillent de concert et s'intéressent à la morphologie des villes, aux transports, aux paysages ou encore aux dynamiques territoriales.
Les économistes du CRESE réfléchissent à des problématiques variées liés à des questions de société essentielles : finance, environnement, santé, criminalité, politique internationale...
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Cette antenne franc-comtoise du laboratoire de l'Université de Bourgogne "CREGO" regroupe les enseignants-chercheurs en sciences de gestion de l'Université de Franche-Comté.
La plupart des chercheurs d’ELLIADD travaillent à partir d’archives. Leurs travaux sont centrés sur la notion de discours, au sens large.
Au LASA, les chercheurs étudient les phénomènes sociaux de façon théorique et expérimentale, dans une démarche socio-anthropologique.
La MSHE Claude Nicolas Ledoux est à la fois une fédération de recherche reconnue par le ministère et une unité mixte de service et de recherche du CNRS. Elle soutient des projets interdisciplinaires dans les domaines des sciences de l'homme et de l'environnement, et permet à des chercheurs de différentes disciplines, au sein de l'université mais aussi à l'échelle nationale et internationale, de mener ensemble des programmes scientifiques d'envergure